- اعتقل عام 1983 بسبب رفضه دفع الضرائب لسلطات الاحتلال، وفي (5/1/1988) اعتُقل مرة أخرى لمدة 21 يوماً.
- اعتقل مرة ثالثة في (4/2/1988) حيث ظلّ محتجزاً في سجون الاحتلال لمدة عامين ونصف، على خلفية المشاركة في أنشطة معادية للاحتلال الصهيوني، وأطلق سراحه في (4/9/1990)، واعتُقل مرة أخرى في (14/12/1990) وظلّ رهن الاعتقال الإداري مدة عام.
- اعتقلته قوات الاحتلال الصهيوني فور عودته من مرج الزهور و أصدرت محكمة صهيونية عسكرية حكماً عليه بالسجن، حيث ظلّ محتجزاً حتى أواسط عام 1997.
- كان أحد مؤسّسي حركة المقاومة الإسلامية "حماس" في غزة عام 1987، و كان أول من اعتُقل من قادة الحركة بعد إشعال حركته الانتفاضة الفلسطينية الأولى في (8/12/1987)، ففي (15/1/1988) جرى اعتقاله لمدة 21 يوماً بعد عراكٍ بالأيدي بينه و بين جنود الاحتلال، الذين أرادوا اقتحام غرفة نومه فاشتبك معهم لصدّهم عن الغرفة، فاعتقلوه دون أن يتمكّنوا من دخول الغرفة.
- و بعد شهرٍ من الإفراج عنه تم اعتقاله بتاريخ (4/3/1988)، حيث ظلّ محتجزاً في سجون الاحتلال لمدة عامين ونصف العام، ووجّهت له تهمة المشاركة في تأسيس و قيادة "حماس" وصياغة المنشور الأول للانتفاضة، بينما لم يعترف في التحقيق بشيء من ذلك، وأطلق سراحه في (4/9/1990)، ثم عاود الاحتلال اعتقاله بعد مائة يومٍ فقط بتاريخ (14/12/1990) حيث اعتقل إدارياً لمدة عامٍ كامل
- وفي (17/12/1992) أُبعِد مع 416 مجاهد من أعضاء وكوادر حركتي "حماس" والجهاد الإسلامي إلى جنوب لبنان، حيث برز كناطقٍ رسمي باسم المبعدين الذين رابطوا في مخيم العودة في منطقة مرج الزهور، لإرغام سلطات الاحتلال على إعادتهم و تعبيراً عن رفضهم قرار الإبعاد الصهيوني، و قد نجحوا في كسر قرار الإبعاد و العودة إلى الوطن.
خرج الرنتيسي من المعتقل ليباشر دوره في قيادة "حماس" التي كانت قد تلقّت ضربة مؤلمة من السلطة الفلسطينية عام 1996، و أخذ يدافع بقوة عن ثوابت الشعب الفلسطيني وعن مواقف الحركة الخالدة، ويشجّع على النهوض من جديد، و لم يرقْ ذلك للسلطة الفلسطينية التي قامت باعتقاله بعد أقلّ من عامٍ من خروجه من سجون الاحتلال و ذلك بتاريخ (10/4/1998)، و ذلك بضغطٍ من الاحتلال كما أقرّ له بذلك بعض المسؤولين الأمنيين في السلطة الفلسطينية وأفرج عنه بعد 15 شهراً، بسبب وفاة والدته وهو في المعتقلات الفلسطينية.
ثم أعيد للاعتقال بعدها ثلاث مرات ليُفرَج عنه بعد أن خاض إضراباً عن الطعام و بعد أن قُصِف المعتقل من قبل طائرات العدو الصهيوني، وهو في غرفة مغلقة في السجن المركزي في الوقت الذي تم فيه إخلاء السجن من الضباط وعناصر الأمن خشية على حياتهم، لينهي بذلك ما مجموعه 27 شهراً في سجون السلطة الفلسطينية.
- حاولت السلطة اعتقاله مرتين بعد ذلك و لكنها فشلت بسبب حماية الجماهير الفلسطينية لمنزله.
- الدكتور الرنتيسي تمكّن من إتمام حفظ كتاب الله في المعتقل وذلك عام 1990، بينما كان في زنزانة واحدة مع الشيخ المجاهد أحمد ياسين، وله قصائد شعرية تعبّر عن انغراس الوطن والشعب الفلسطيني في أعماق فؤاده، وهو كاتب مقالة سياسية تنشرها له عشرات الصحف.
[/align]